Mit der Metropolregion Berlin/Brandenburg ist DESY intensiv verwoben: Der Standort in Zeuthen hat gemeinsame Berufungen mit der Universität Potsdam und der Humboldt-Universität zu Berlin und kooperiert darüber hinaus mit weiteren Hochschulen und Forschungseinrichtungen. DESY beteiligt sich an unterschiedlichen Netzwerken der Region, darunter die Landesvereinigung Außeruniversitärerer Forschung Brandenburg (LAUF e. V.), das Berlin-Brandenburg-Cluster, das Potsdam Research Network pearls sowie proWissen Potsdam e.V. und ist damit sichtbar in der Wissenschaftslandschaft für Partner, Firmen und die allgemeine Öffentlichkeit.